工作也比较全面的建立与健全起来。
中央档案机构的设置
1935年12月党中央转移到陕北瓦窑堡，在这里召开了中央政治局会议，决定恢复和建立中共中央各部委，同时恢复了中央秘书处。1936年1月16日中共中央秘书处发出《转中央12月23日政治决议案内容致国焘电》，是恢复后的中共中央秘书处第一次公开活动。新的中共中央秘书处内部机构是逐步健全起来的，处内设有文书科、机要科、会计科，后来又设有材料科、速记室、电讯科和收发室，各科室分担秘书处的工作。这其中的材料科是中共中央秘书处恢复后建立的一个专门管理中央档案的机构。著名的档案学家裴桐同志从1940年就在这个科里任职，后来担任该科的科长。这个科实际上是中共中央书记处在延安集中统一管理文件的“材料库”。作为八路军总前委的战时档案机构，它的主要工作有：一是，收集党政军的历史档案材料，集中统一管理党中央的一切文件材料，并接收部分中央机关移交归档的档案材料。二是，负责文件材料的发借工作。“发借”就是将中央文件材料按照规定发给或借给中央各机关、各部队和有关地方的高级领导人使用。“发借”还包括日常的提供使用文件材料、接待各部门来人阅览材料的工作。三是，负责文件材料的摘由。就是将各地方报送来的文件摘出其主要内容，然后呈送给中央书记处和政治局负责同志阅览使用。由于各地方党政军群机关每天上报来的文件材料相当多，中央领导同志工作又相当繁忙，不可能全部审阅每一份文件。为了使中央领导人既了解各地、各部队的情况，又不耽误更多的时间，材料科专门设置了摘抄文件材料内容的工作人员。四是，负责文件材料的分类、整理、编目工作。自从材料科建立之后，党中央的文件材料不仅得到了系统的整理，而且得到了科学化的管理。同时建立和健全了各种文件材料的管理制度，有保密制度、借阅制度、点验制度等等。该科还负责党政军内部书报刊物的收集管理工作。
中央秘书处建立后，它的工作面比以前拓宽了，职能也发生了变化。除了原有的工作职责和新拓宽的负责制定机关工作制度，负责全国性的电讯指导业务，发展印刷业务等工作外，对于档案的管理更加科学化、制度化。尤其是注重了文件电报的分开处理和管理。文电分管是抗日战争以来秘书工作的一项新措施。原来文件电报是统一管理的，抗日战争后，随着文件电报数量的日益增加，逐渐形成文件由材料科保管，电报由机要科的电整股保管的局面。文电分别处理、分别管理，不仅在党中央得到了实行，在八路军、新四军以及各中央局、各省委也都这样做了。
随着革命事业的发展，党中央机关的日常事务工作日益增加，除了与全国各地方、各部队保持着密切的电讯联系和上下文的关系外，还担负一部分与友党友军来往的公文处理工作。中央书记处与中央各部委之间的联系更加广泛了。中央书记处日常文电的处理、总务工作、会务工作更加频繁。原来的中共中央秘书处无论在职能上，在组织上已经不适应机关发展的需要，于是1941年9月28日《中共书记处关于任弼时、李富春、王首道、王若飞的任职通知》中决定“组织中央书记处办公厅，执行书记处的日常工作”。从此，正式成立了中共中央书记处办公厅。通过1941年9月王若飞起草的《中央书记处办公厅的组织机构》列表中我们可以看到材料科仍作为了其管理档案的内设机构。
八路军档案机构的设置
国民革命军第八路军，简称为八路军，是中国人民解放军的前身之一。1937年8月22日，国民政府军事委员会正式宣布由原西北主力红军，即中国工农红军一、二、四方面军改编而成“国民革命第八路军”，朱德、彭德怀任正、副总指挥。1937年9月11日，国民政府军事委员会按全国陆海空军战斗序列（把各“路军”改编为“集团军”），并下达命令：将八路军改称国民革命军第十八集团军，八路军总部改称第十八集团军总司令部。朱德改任总司令，彭德怀改任副总司令。9月14日，朱德、彭德怀发布八路军改为第十八集团军的通令，但此后仍习惯称为“八路军”。抗日战争前，国民革命军第八路军原是广东地方军阀部队（李济琛的旧部），陈济棠曾任第八路军总指挥，下辖三个子师：第59师长余汉谋，第62师长香翰屏，第63师长李杨敬，该部番号后被蒋介石撤消。红军改编后，国民政府军事委员会委员长蒋介石、军事委员会副委员长兼第二战区司令长官阎锡山、第五战区司令长官李宗仁、军事委员会副参谋总长白崇禧、西安行营代主任蒋鼎文、第七集团军总司令傅作义等国民党高级将领纷纷电贺国民革命军第十八集团军朱、彭正副总司令。李宗仁、白崇禧贺电“望东指之旌旗，赋同仇而御侮，歼朔方之倭寇，复失地以奏功”。蒋鼎文贺电“率部抗敌，壁垒新增。行见马肥苜蓿，壮秋塞之军容；酒熟葡萄，励沙场之斗志。扬我国威，挫彼寇焰，河山还我，指顾可期”。八路军曾在抗日战争中参与太原会战、在日本占领区内发动民众一同进行游击战，设立敌后抗日根据地。并于1940年发动百团大战，是抗日战争时期中国大陆敌后战场的主力。根据资料，至1944年5月，八路军对敌作战7.4万次，歼敌15万余人（待商榷）；至1945年8月，八路军已发展到90多万人。1946年国共合作破裂，同年6月全面内战爆发，9月八路军、新四军改称中国人民解放军，但仍未统一名称。直至1948年9月，中央军委发出通知全军团以上各部队均冠以“中国人民解放军”字样。就是这样，一直处于抗日战争最前线的八路军部队，在与日本帝国主义侵略者浴血奋战，屡立奇功的同时，还培育出了一只能文能武、具有特殊战斗力的档案工作队伍，这支队伍在辅助部队指挥员作战、管理档案等方面发挥了不可磨灭的作用。
八路军总前委和各作战部队具有秘书工作性质的机构负责档案的管理，这是根据指挥员和指挥机关的实际需要而设置的，一般称为秘书处或者参谋处、总务处、机要室等。这些机构虽然名称各不相同，但一般都具有管理档案的职能。根据1938年8月毛泽东等在《致各兵团首长训令》中有关机密文电应“指定可靠专员负责保管”的指示，旅或军分区以上司政机关都设置了机要保密室，配备有机要秘书、机要参谋或机要文书专门管理机要文电。师以上参谋处机要科还建立了电整股，专门负责收集、整理和保管机密电报的工作。
秘书处以处理各种公文为主。据1937年7月11日《彭德怀、任弼时关于成仿吾或舒同任秘书处长问题给毛泽东、朱德电》中说：改编后，八路军总指挥部和各师“官样公文与应酬文电必大为增加”，故应设秘书处。毛、朱回电同意。于是，八路军师以上指挥部门基本都建立了秘书处。秘书处内设文书科和总务科，负责公文处理、行政事务工作，这也包括档案的管理工作。1938年8月前后，八路军总部和一些师级指挥机关将秘书处改为参谋处。这是根据指挥员和指挥机关实际需要改变的。1940年3月《八路军各级司令部（军、师、旅、团）暂行工作条例》（草案）指出：在部队首长身边工作的秘书、参谋人员必须“具有优美的政治品质、现代的科学知识，先进的军事理论和高度的技术技能，才能完善地进行司令部的工作”。就是说，在部队指挥机关从事秘书和参谋工作的人员，不但要懂政治、通文理、熟公文，保管好档案外，还必须懂军事、会打仗。参谋处内设作战科、侦察情报科、通讯科、机要科、队训科和秘书科。这些科的工作人员在作战时当参谋，管理部队时当助手，处理文件电报时当秘书。
在八路军的司令部将秘书处改为参谋处的同时，八路军总政治部和其他一些师级政治机关也将秘书处改为总务处。总务处内设文书科和总务科，分别负责文书处理和机关生活管理工作。在八路军旅以上司政机关内还有一种称为机要室的工作机构。机要室有综合机要室和机要秘书室之分。综合机要室内设秘书科、机要科和管理科，分别负责机要电讯、文书处理和行政事务工作。例如1939年晋冀鲁豫军区司令部内就设有机要室，兼有秘书处和参谋处两种工作职能。还有些军事部门设有机要保密室，配备1名机要秘书，主要负责机密文件和电报的承办和保管工作。可见，不管哪个级别的部门都非常注重档案资料的管理和保密工作。
为了便于保管战时形成的重要档案资料，八路军还对战时公文规格及分类立卷标准做出了具体要求。对于公文格式，1940年3月《八路军各级司令部（军、师、旅、团）暂行工作条例》要求：一是，草拟文件的电报以“简单明了”为原则。二是，文件电报用纸大小要便于收藏和携带，以能在皮包内放下为宜。三是，一切文电草拟应从左而右横写清晰，不但使用纸张要大小一致，而且要书写一致，即每份文件均应“横写由左而右，每页20行，每行20字”这种书写方法也是以便于案卷的管理为目的。此外，还对文电的格式及其他注意事项加以了规定。对于文电分类立卷，此条例还规定：各级司令部应将全部文件电报集中起来分为作战类、情报类、部队编制管理类、队训类、机要电讯类和文秘类等，然后分别各类立成“司令部案卷”，“案卷”务求简单、轻便、便于携带和便于检查与使用。
各部委档案机构的设置
在恢复中共中央秘书处和建立中央办公厅的时候，中央各部委的秘书、档案工作也得到了加强。比如，中共中央组织部、中共中央宣传部、中共职工运动委员会、妇女运动委员会以及其他一些机关都建立了秘书处。这些部委的秘书处内部一般的设置有文书科、收发科、材料科、机要室等。其中，中央各部委秘书处内设的材料科或机要室就是其档案机构。档案机构要求“凡机密文件必须专人负责严格保管，并不得向外泄露”。鉴于各部委文件使用频繁，特对文书处理工作人员和借阅文件的人员提出如下要求：“调阅文件应当按时归还，保管人员负责登记及催还之责，倘有遗失，由遗失者负责，过期不还而遗失者，保管人与遗失者共同负责”。各部委在文件管理方面还区分重要与不重要的两部分，一切重要的文件，要专人严格管理，无保存必要的文件，一律登记监视销毁，不得随意抛弃。
1941年8月1日党中央发出《中共中央关于调查研究的决定》以后，在中央建立了调查研究局，在各中央局、分局、省委、区党委、八路军、新四军和抗日民主根据地的边区政府设立了调查研究局或调查研究室。浓厚的调查研究空气，也波及到了档案工作的各个环节。1942年精兵简政后，一些地方把调查研究室放在了秘书处，这样，通过调查研究起草的文件更加实事求是，内容也更加丰富起来了。中央给各级调查研究部门的一项主要任务是“收集整理研究各地区客观情况与主观工作的材料”，特别是要注重收集敌友我三方面的文件材料。为了管理好在调查研究中所收集到的材料，调查研究局和调查研究室内部都设立了材料室来专门管理收集到的文件材料。同时还规定了调查研究与使用文件材料的规定。比如，党务研究室和调查研究局的负责同志可以向秘书处借阅使用党的绝密文件，其他研究人员可以根据中央办公厅和中央组织部借阅文件的规定阅览普通机密的文件。一些地方秘书处的档案部门一方面向调查研究部门出借文件材料，一方面与党务研究室或调查研究局的材料室合为一个档案室，共同管理各种文件材料。