1942年春，新四军副军长兼二师师长张云逸，在盱眙县黄花塘师部召开营以上干部会议，尽管师部窗户大开，里面依然烟雾缭绕，张云逸不时地咳嗽，他知道这是干部们在抽着树叶卷起的喇叭烟。散会后，竟有几个战士溜进会议室捡拾烟屁股。张云逸深有感触，找来第二供给部部长胡弼亮说：“我们当领导的要关心干部和战士的生活问题，吃的、穿的、用的都得关心解决。我们能不能办个烟厂，解决干部和战士们的抽烟问题？”胡弼亮听了很惊讶，办个烟厂谈何容易？张云逸说：“你们供给部是有办法的，当然困难是难免的，我相信你们一定会把烟厂尽快办起来。”
不久，新四军攻占了天长县铜城镇。抗日战争初期，日军侵占了扬州、六合、天长、盱眙等县城，而天长的铜城镇及其周围地区都是国民党统治区。当时，由于敌人的封锁，“洋烟”进不来，“土造子”烟又供不上。于是，铜城镇有几户商人，集股筹办起一个“群众烟草股份有限公司”。他们搞到了一部卷烟机，生产一种叫“神龙牌”的香烟，供应市场。由于当时国民党的苛捐杂税多如牛毛，当新四军解放铜城时，这个烟厂已奄奄一息，很难维持下去了。胡弼亮把这个情况报给了师部，张云逸指示，办烟厂可以分两步走，先安排合作社支持该厂一部分资金，和他们合股共同恢复烟草生产，以解燃眉之急。同时，派干部、战士进厂参加生产和管理。从中也能学到烟厂的管理经验和业务知识，为筹建新厂创造条件。胡弼亮为难了，新四军的经费投到私人企业，这是原则问题。张云逸说：“上海有国营企业和私营企业，还有一种股份制企业，不论什么人都可以入股，年底按股份分红，我们这是合资办股份公司。”于是，胡弼亮按照领导指示，先入股群众烟草股份有限公司，接着筹备新厂。
自办烟厂的方案确定后，新厂名和烟名取什么为好呢？筹备处的同志广泛征求意见。经过一番讨论，最后大家认为既然公私合营的那个烟厂叫群众烟草公司，生产的是“神龙牌”香烟，那么我们这个公营的烟厂就取名新群烟草公司，生产“飞马牌”香烟吧。其涵义是：“新群”，根据地的群众是新型的群众；“飞马”象征着革命发展的形势犹如万马奔腾。
筹备工作的关键是购买卷烟机和找技师。这在当时的情况下，必须到敌占区去才能解决，因此成了一个大难题。经过一番周折，终于搞到了一台卷烟机，张云逸批了42元淮南币，当时能买一头200来斤的大肥猪，后来就有一头大肥猪变个大烟厂的说法。接着又聘请了一名技师。设备和技术解决了，可又出现了一道难题：铜城镇上只有一家石印作坊，仅有三五个印刷工人，连印刷“神龙牌”烟盒都来不及，又怎能承担“飞马牌”烟盒的任务呢？当时有人想到《淮南日报》社有园盘机，可以承担印刷任务。经过联系，报社同意了，但缺乏制作锌版的条件，供给部又派人到敌占区去办，委托生活书店的同志，冒着危险终于制成了几块锌版。这样，烟盒的印刷问题也得到了解决。
第二师合作社撤销后，大部分人员都转到烟厂来，基本上是合作社的原来管理干部和工人。另外，又从部队调来一批干部、战士和随军家属（当包烟工人），还在当地招了一部分工人。部队的同志实行供给制，被称为“内工”，雇请人员实行工资制，称为“外工”。烟厂的厂址设在铜城镇西边小李庄的一座地主院落，约有20多间房屋。10间正房和厢房做车间，炮楼当会计室，楼下办公，楼上放钱并住人。其余的房屋做干部和工人的宿舍。
烟厂按照生产工艺流程，分设制丝、卷烟、包装三个车间，每一车间由一名不脱产干部负责。全厂脱产的行管人员很少，也不设职能部门。当时的生产设备非常简陋。卷烟机无动力设备，就做了个大木轮套上皮带，用人力摇动，用几张长条桌当包装台。仅有一部切丝机，又买一口大锅用来炒烟丝。就这样白手起家，因陋就简、因地制宜地很快将烟厂筹备就绪，1942年上半年开始投产。
新群烟草公司首任经理刘葆华，支部书记刘智惠。刘葆华是个懂经济善管理的人，从建厂那天起，他心里就盘算着一定要使“飞马”胜过“神龙”。为创名牌香烟，烟厂上下狠抓了产品的质量。首先在选料上精益求精。烟叶是卷烟的最重要原料，而定远、凤阳县产出的烟叶均为上乘。当时津浦铁路敌人封锁很严，定远、凤阳县在路西，铁路是必经之道，道口都建立炮楼，或巡逻哨。为打开一条秘密运输通道，刘葆华采取两步棋。他先亲自带领几名战士去了路西，与地方政府联系，找到嘉山县一位有名气的三番子师爷，在明光镇上一家有名的茶馆摆下一桌酒席，开诚布公地说明自己的来意，希望他能深明大义，为抗日斗争出一份力。邀请他出面说服当伪军的弟兄网开一面，并答应每通行一次，给弟兄们一件“飞马烟”。在通行铁路时，有个别顽固不化的敌对分子从中作梗，刘葆华安排锄奸队坚决镇压。一手软一手硬起到良好结果，秘密通道就这样打开了。烟厂自备了骡马14匹，组成运输队，成年累月的夜间来往穿梭于津浦铁路东西两头，保障了优质烟叶的供应。
烟叶运进厂，再进行挑选，优等的加工成烟丝，次等的另作处理。刨烟丝前必须把烟茎全部抽掉，炒丝要达到不焦不碎，香料搅拌要均匀。科学配加香料，刘葆华又想方设法，通过商人搞到了上海大烟厂的配方，然后再摸索试验，研制成了自己特有的香料配方，从而提高了香烟的质量。卷制包装时，要求技师在卷烟时达到不紧、不松、无空头，包装工同样要做到香烟的包装不歪不斜无缺支。
由于重视了香烟生产的质量，千方百计地精工细作，“飞马牌”香烟声誉越来越大。当时淮南根据地的干部经常抽调到延安学习，去学习的干部别的东西可以不带，唯独飞马香烟不可缺少。
新群烟厂每天可以生产“飞马牌”香烟600多条，大部分供应部队，初步解决了干部和战士抽烟难的问题，从而实现了部队首长的愿望。
随着产量不断增加，香烟不仅满足供应部队，陈毅军长还要求“飞马”走向市场，一方面满足群众需求，一方面也能解决部队部分经费。销售工作落到营业股长刘新民的身上。刘新民在合作社工作多年，精通商务。
抗战时期皖东地区香烟紧缺，一些不法商人趁机从外地倒运来香烟，高价出售。“飞马”刚投入市场，群众不认这个牌子，认为新四军生产的“飞马”，质量肯定不好。刘新民化妆成商人，带着没有商标的“白纸包”来到滁州城，请来几家大户烟商到茶馆喝茶，桌子中间摆放着当时比较不错的几种烟，有小刀牌、翠鸟牌、大鹰牌等，其中还有新四军生产的“飞马牌”香烟的白纸包。这些商人把香烟一根根地抽出来，然后慢慢品着。之后，他们得出结论：从烟灰上来看，几种牌子的香烟都不错，没有出现截火的现象，灰烬成灰白色；但是从烟丝上便看出了好坏，其中大英牌烟丝中大概有20%的烟叶梗，其它的就更多了，不过只有新四军生产的“飞马牌”最好，烟丝完全为纯烟丝，色泽金黄，抽一口之后满嘴余香，价格也很便宜。于是，这些商人开口说道：这种烟，有多少要多少。从此，飞马香烟打开了市场，走进沦陷区和国统区，站住了脚跟。敌占区封锁严密，飞马烟很难运进去。刘新民等销售人员想了个“偷梁换柱”的办法：从上海精印了大批“大英牌”香烟空盒，然后装上飞马烟运出去。于是，飞马烟走出了根据地，在敌占区热销。供给部还拿飞马烟与商人换取部队紧缺的物资，如药品、钢材和牙膏、肥皂等日用品。
飞马烟被敌占区的群众认可，销量大增。铜城小镇一下热闹起来，前来订货的商人络绎不绝。烟厂门前经常有商贩在那里排队，甚至夜晚还有人等候发货。为了保障供给，新群烟草公司于1944年上半年又添置了卷烟机、切丝机各一部，并盖了20间厂房，增加100多名工人，增开了夜时班，每天生产飞马烟1200余条，比1943年刚建厂时的产量翻了一番。这一期间，新群烟草公司经理是李德秀。
可好景不长，蒋管区和日占区发现了新四军的香烟把他们的地盘都给占了，便慌忙对这种香烟进行封锁。码头、路口等地都设卡搜查。虽然敌占区命令禁止销售飞马烟，但面对巨额利润，商人们还是铤而走险。他们把其它烟牌的盒子腾空在里面装进飞马烟，再通过不同的渠道运到蒋管区、日占区销售。于是，飞马照样占据大半市场。当时烟商把飞马烟送人时都说一句“睁大眼，看看里面是什么烟支？四爷生产的。也有的说：尝尝看，人家“四太爷”的货就是好！“四太爷”指的就是新四军。
1944年下半年，为了适应根据地经济日益发展的新形势，上级决定，部队的企业交给地方统一领导。于是，新群烟草公司和路东军分区创办生产“工农牌”香烟的东联烟草公司，同归路东专员公署建设处领导。公私合营的群众烟草公司，也归属建设处领导。为了加强管理，建设处决定在新群烟草公司的基础上，成立新群烟草总公司，下设一厂（新群烟草公司）、二厂（东联烟草公司）和三厂（群众烟草公司），总公司设在铜城镇，各厂仍在原址。总公司的机关下设总务、营业、会计三个股及铜城、汉涧两个分销处。总经理叶钦和，副总经理凤文、黄雅亭（私方代表），总务股长沈占奎，营业股长刘新民，会计股长叶新；一厂厂长唐崇才、支书刘智惠，二厂厂长张源、支书吴振平，三厂厂长黄雅亭。总公司干部及三个厂的职工约有600多人，拥有卷烟机5台、切丝机3台，分别生产“飞马牌”、“工农牌”和“神龙牌”香烟，日产量约2500多条。
1945年，总公司及一、二厂（三厂已并入一厂）相继搬迁至古城镇附近。总公司设在铜城镇上，一厂在镇东北的朱洼，二厂在镇西的陡山。抗日战争胜利后，总公司于1946初迁至盱眙县城内。到了盱眙城，已拥有卷烟机8台、切丝机4台，动力设备用了柴油机，职工猛增到近千人，日产香烟3500条，“内工”改为低薪制，按照实际标准发给。人员及机构又进行了大幅度调整。撤销了厂部，职能人员并入总公司各股，一切生产业务及经营管理皆由总公司承担。在原有的总务、营业、会计三个股的基础上又增设一个工务股，并设立盱眙、铜城、汉涧、竹镇、古城五个分销处。同时还成立了党支部和工会。总经理张乾德，副总经理唐崇才、黄雅亭，协理岳新，总务股长周国良、副股长沈占奎，会计股长郁振达，工务股长任成康，营业部主任黄青，盱眙分销处主任王理贵，铜城分销处主任刘子友、汪子良，汉涧分销处主任林伯川，竹镇分销处主任孙立。总公司党支部书记刘智惠，工会主席殷毅。这一期间，称得上是新群烟草公司的鼎盛时期。
1946年8月，当国民党军队疯狂进攻盱眙时，新群烟草公司被迫渡过淮河。用骡马和牛车载着机器和原料北上。途中还不断利用战争的间隙，就地装机生产。直到1946年底，北撤至山东沂水县的界潮镇时，才暂住下来。第二师供给部的勤富烟厂也合并进来。总公司一边生产，一边整顿。在沂水期间，还派出部分干部、工人带一部卷烟机，到鲁中第二军分区协助他们开办新生烟厂。1947年夏，又北渡黄河，来到惠民县境内，烟厂又开动机器，坚持生产。到这时，全厂还保留卷烟机2部，干部和工人200多人。
1948年春天，在中国人民解放军华东野战军准备解放济南、青岛的前夕，为了做好对大城市工厂企业的接管工作，新群烟草总公司并入了山东大鸡烟厂。干部职工在以后又直接参加了对济南、青岛、徐州等地烟厂的接管工作。这些同志成为这些烟厂的领导骨干。济南、徐州等地烟厂回到人民手中后，都曾生产过“飞马牌”香烟。上海卷烟厂至今还把“飞马牌”香烟作为一种保留产品生产、出售。新中国成立初期，在华东军区后勤部开办的勤丰烟厂和安徽省军区开办的建新烟厂中，都有原新群烟草公司的干部和技术人员。
新群烟草公司不但在战争年代发挥了应有的作用，而且在新中国诞生后的经济建设中也做出了贡献，输送了一大批懂技术善经营会管理的专门人才。