戴笠的“军统局”正式挂牌
1938年3月29日至4月6日，国民党五届四中全会在武汉召开。这次会议除了议决有关抗战的政治军事大计，通过《抗战建国纲领》外，还做出了大力扩充特务组织的决定。其原因是：一方面在全国一致抗日的政治形势下，随着中国共产党的合法化及各民主党派活动的活跃，蒋介石更需要有强有力的耳目来监视和防范政治对手；另一方面，对日战争也需要强化情报系统的工作。于是，大会决议将原挂列在陈立夫名下的军事委员会调查统计局第一处扩编为围民党中央调查统计局，仍以徐恩曾为首；将原军统局第二处独立出来，扩充升格为军事委员会调查统计局，完全以戴笠系统的人马为基础，使其完全公开化、正规化，并将其职能侧重于对外抗战。同民党的两大特务组织“中统”与“军统”由此组建形成完毕。戴笠从此得以如出笼之虎般地放手大干起来，而使“军统”组织在以后的十年内得到急剧的发展，超越了“中统”而成为国民党的特务主体。
当蒋介石组建“军统”之时，深知蒋介石秉性的戴笠，采取了以退为攻的手段，主动表示自己不当“军统”的一把手，他在蒋的军统局扩充方案上写到：“雨农不才，学识、资历、名望、功勋均不够局长之资格，望校长另委局长一任，雨农愿竭力辅之。”这一招，深得蒋介石的赏识，对比竭力争夺“中统”局长的徐恩曾，蒋介石更加器重戴笠，这也为“军统”以后的发展和戴笠在组织内部不计名而谋其实的地位奠定了牢不可破的基础。
1938年8月，“军统局”正式成立，局长授中将衔，由蒋介石侍从室第一处主任、军委会办公厅主任贺耀组兼任，以后分别有侍从室第一处主任林蔚、钱大钧担任过局长一职，但他们都知道其挂名的实际含意，一贯以戴笠为副局长主持工作，实际掌握军统局全权?所以在军统内部，上下从来只知道戴笠是他们的最高负责人，习惯上称之为“戴老板”。军统局内设秘书主任一人，为幕僚长，先为郑介民，1939年10月郑因调任军令部第二厅副厅长，该职由毛人凤代理。
军统局成立后，其系统内颇具特色的五大组织应运而生，形成了军统局对外业务的主体。
第一个机构是特务总队。
军统局特务总队是由开局前的特务队扩充改组而来的，经历了由便衣到着装、由秘密到正规化的过程。其后又使用过“军委会水陆交通统一检查处”及“第二巡查总队”、“军委会特务第五团”等名称，先后曾由张业、王兆槐、杨清植、张辅邦、王春辉、周伟龙等任总队长与团长。这一组织，下辖3个武装大队和一个便衣中队，其中除一部分担任军统局机关和戴笠、宋子文公馆的警卫外，大部分是担任军统监狱看守所的警戒工作，并充当审讯用刑及处决犯人刽子手的角色。队里专设有行动组，组长程永铭，负责逮捕关押与刑讯人犯的工作，他们对肉刑工作进行了专门的研究，并配备了各式的刑具。由于其残暴性，使其迁渝后的所在地林森路望龙门都成了，人们谈虎色变的地址。即使在军统局内部，特务们也因其具有处理违纪人员的权力而对之避让三分，称之为“锦衣卫”。
第二个机构是军委会办公厅特检处。
这一组织设于重庆夫子池来龙巷庆德里，从1941年到抗战胜利一直由戴笠的亲信、军统人事室主任李肖白担任处长，主要任务是负责海陆空交通邮电的检查工作，为军统侦探情报搜集材料，扣留对当局不利的通讯宣传品。他们虽不参与特工行动，却是军统组织的耳目与情报来源，地位重要。又因为战时交通运输的紧张，而该处人员平时接触的都是各要害部门与达官富商，其权限与油水之大可见。处内设有邮电检查、总务、防谍等科，不仅钟贡勋、周景敦等几个科长，就连一般的检察员也可掌握控制最紧俏的票证、商品甚至物资，甚至当时最时髦的上等手表、金笔、西装，他们也是唾手可得。许多高官也向该处“推荐”亲友，以求发财的捷径。下属的重庆邮检所，是最大的单位，有200余人，其侦查的重点是在渝的中共机关人员往来信件、《新华日报》等，进行扣压、分析、破获及销毁，并根据信件来源逮捕靠近中共的人士，直接为军统局的反共活动服务。特检处的另一项重要工作是“防谍”。所谓“防谍”指的是在国民党政府各机关中防止中共或日伪势力的潜入与发展。做法是在各机构中挑选一批信得过的人，由特检处进行培训，授予监视、跟踪、秘密联络等特务技能，以便在各处布控，同时也为军统在各处遍布了耳目，进一步发展了组织。训练班的名称为“秘密监察人员训练班”，地址设在赣江街82号江西会馆万寿宫内，共力、了两期，每期二三百人，各部门或迫于压力、或鉴于自派人员总比军统来人强，都送员参加了训练。由于这项工作主要是为了对付共产党，故得到了蒋介石的赞赏。
第三个机构是水陆交通统一检查处。
这个处的前身是军委会运输统制局监察处，运输统制局撤销时，蒋介石认为应保留该处，便以军委会水陆交通统一检查处的名义留存下来，他指定戴笠为处长，于是该处也列人了军统局。
戴笠接管后，委任他的“军统十人团”成员之一、“西南运输处警卫稽查组组长”张炎元为副处长，代他主持工作；业务组长则由“军统十人团”成员胡天秋担任，其主要工作，便是在水陆交通要道上设卡检查来往车辆船只，兼顾反共、防敌、缉私等工作，也是大权在握的岗位。如在重庆城南一品场的检查所，就是把守从东南、华中、云贵等省来渝陆路交通的枢纽，所长韦贤，因得戴笠的信任，长期在此任职，自订路规，却无人敢管；而在通向西北公路上的青木关检察所，是从渝到中共边区的第一道障碍，军统特务在此严查向西北去的青年及一切行人，只要是证件稍不过硬，便加刁难，甚至扣压，即使对路过的第十八集团军将领也横竖刁难，如强令他们下车在雨中等候检查等等，这些举动博得了戴笠等人的欢心。而对他们自己内部的违纪犯规现象，则有许多包庇与纵容。无论查出了什么私货违禁品，只要能找到戴笠的关系，如杜月笙、孔祥熙，或有宋美龄等出面，皆可退货放行。抗战期间轰动一时的所谓中央信托局运输处长林世良走私案，之所以被军统抓住不放，也是因为林自恃有孔祥熙做靠山，根本不把军统放在眼里而造成的，这件事也说明了戴笠与军统势力的膨胀。
第四个机构是兵工署警卫稽查处。
在抗战前，兵工署所辖各兵工厂都有自己的警卫队组织，抗战开始后，军统借机插手这一领域，特别是厂矿内迁后，从各地迁往重庆的兵工企业特别多，数以万计的工人集中到此，引起了蒋介石的不安。如何管理与维护治安，事关重大。为防止共产党渗入重点产业，蒋要把戴笠的力量运用其中方可放心。他要以俞大维为首的兵工署只管生产与技术，把安全与防共交给戴笠的警卫稽查处。戴笠领命后也不敢怠慢，特地选择了留学苏联对共产党有所了解的特务处书记长张师担任处长，并参与共同起草