工作，而他却经两位老解放区来的文艺干部的介绍，自愿到齐齐哈尔市“民众教育馆”从事宣传工作。从绘制画像，到书写标语，布置会场，无所不干。不久便调入市文艺工作团，从事专职美术工作。1949年8月，全团调至沈阳，扩编为东北青年文工团，他担任了美术队长。同年9月，随团调至长春市，编入东北电影制片厂，被分配在初创阶段的美术片组。1950年3月，美术片组迁至上海，在上海电影制片厂美术片组从事美术片的创作，先后从事动画、原画、美术设计和动画导演等工作。1957年，上海美术电影制片厂成立，他继续从事动画片的导演工作，并兼厂艺委会副主任、影协上海分会理事等职。
为了尽快创作生产出具有民族风格的美术片，振兴新中国的美术电影事业，何玉门虚心求教于老前辈，边学边干，边做边学，抓紧一切机会熟悉美术电影业务，在实践中逐渐掌握了动画专业的技巧。起先，他从事“动画”（即在动画设计的关键动作之间画中间动作），数月后便升为“动画设计”，两年后担任美术设计，很快被提升为动画导演。
电影是一门综合艺术，仅仅掌握了动画的基本技巧，是很不够的，尤其对于承担整部影片的艺术责任的导演来说，不仅要有一定的艺术修养，懂得电影的一般规律，更要懂得美术电影的艺术特点和创作要求。在50年代初期，能够看到的动画片主要是苏联的。何玉门除了认真观摩、研究了《灰脖鸭》、《怪箱子》、《蚂蚁和大象》、《金羚羊》等动画片，他还逐格分析了这些动画片的画面，选择有关内容一张张绘制下来，认真比较、分析、琢磨，从中探求造型、动作、节奏、构图、场景安排、特技处理、镜头组接等方面的技巧，获取了有益的间接经验用于自己以后的实践。
1954年，何玉门导演了他的第一部动画片《夸口的青蛙》，至1958年4年的时间里，先后又导演了《我知道》、《木头姑娘》、《小朋友们》、《小鲤鱼跳龙门》等五部动画片。从这几部动画片中，何玉门不仅熟悉了动画拍摄的艺术规律，并熟练地掌握了动画电影的艺术表现手段。《小鲤鱼跳龙门》这部影片是根据金近的同名童话改编拍摄的。影片形式新颖，基调明朗活泼，细节处理十分有趣，其中小黑鲤鱼的形象刻画得十分可爱，使人想象到一个活泼好动、无所畏惧、勇于探索新奇世界的孩子。老鲤鱼奶奶戴着老花眼镜，多么像一位慈祥的老妇人。另外，张开着“大剪刀”的螃蟹，奇异的水草怪石，构成了一幅幅新奇美妙的图画，给人一种明快、昂扬的情绪感染。虽然影片于1959年获得了莫斯科国际电影节的“动画片银质奖”，但何玉门并不满足于此，他开始在动画片的艺术创作中有意识地摆脱外来的影响，探索美术电影的民族化问题。他一方面向中国的美术传统学习，另一方面在美术片的创作中探求中国广大观众所喜闻乐见的形式。
《壁画里的故事》是他与王树忱合作的动画片，这部影片的主题是宣传“人定胜天”的思想，尽管在内容受到了当时“浮夸风”的影响，但在如何运用美术片的独特手法，用民族形式表现现实题材的问题上取得了可贵的经验。阳翰笙曾这样评价：“象《壁画里的故事》更把文学上的特写这种形式与美术上的漫画很好的结合起来了，也获得极大的成功，这两者不仅开拓了美术片的题材范围，也创造了新的形势。有这些新的形势，它就为美术片扩大了从文学各种形式中吸取题材的可能性”。
在民族化的探索方面，比较有代表性的一部动画片是《集体有余》。这部影片采用喜剧样式，描写一个财迷心窍的老汉，想自己钓大鱼，差点被大鱼吃掉，后来依靠大伙的力量才把大鱼抓住的故事。通过这个虚构的“打鱼”，歌颂了社会主义集体的力量。这部影片从内容到形式完全吸收了山东木版年画的特点，片名都是从劳动群众喜闻乐见的年画角度出发的。在影片的创作过程中倾注了他全部的热情，花费了极大的精力，他们先后到山东潍坊、天津杨柳青、苏州桃花坞等年画产地收集材料，使得影片内容与艺术形式统一和谐。然而，1964年由于极左思潮泛滥，影片拍摄完毕尚未公开发行放映，便被打成宣扬“中间人物论”的典型而遭禁锢，以后又遭到批判、销毁的厄运。作为该片的导演，为之痛心疾首，并为影片无法与观众见面而遗憾万分。
其次，何玉门还注重在影片的风格样式的多样化方面作大胆的探索。《小溪流之歌》是根据著名作家严文井的一篇散文诗拍摄的动画短片。描写一条小溪流不分昼夜地向前奔流，山谷里荡漾着她歌唱的回声：小溪流流呀流呀，流到微波荡漾的河里，流进汹涌澎湃的大江，又流入浩瀚广漠的海洋，奔向无限美好的前途，任何力量都阻挡不住她前进的脚步。
散文诗虽美，但如何通过动画形象，来塑造小溪流的革命乐观主义精神，表现这深邃的诗情画意，何玉门曾专程到北京与严文井谈了一个下午。在摄制组全体同志努力下，影片终于成功地体现了原著的精神、风格，又表现出了强烈的动画效果。影片清新、优美、抒情。是一首快乐的颂诗、一曲生命的赞歌。
何玉门创作态度严肃，所导演的影片具有趣味性强等明显特征。他认为这是美术片能否具有感染力的重要因素，是美术片的生命力。在创作中他始终注重探求动画趣味，即便是在十年浩劫时期的高压政策下，创作人员不敢提及美术片的艺术特点及创作规律，不敢追求趣味性的情况下，他拍摄的写实题材的美术电影《渡口》，仍坚持美术电影的“特性”，努力“挖掘”能够发挥动画特长的表现形式，使画面生动有趣，新鲜活泼，获得了较理想的银幕效果。
《好猫咪咪》是一部风格清新、幽默有趣，色彩鲜艳，有浓厚的民族特色和教育意义的影片。为了追求艺术形式上民族民间的绘画特点，他和摄制组的成员，专程到木版年画的故乡山东潍坊搜集资料，作为参考，使影片在造型、色彩上都富有民间特色。为追求内容上的趣味性、幽默感，他在原作基础上作了加工丰富，不仅仅表现猫捕鼠时打斗的动物习性，而且还赋予小猫在与狡猾的老鼠作斗争时的勇敢和智慧的个性，使戏有层次，有高潮。这部影片具有新颖的艺术效果，荣获1979年文化部优秀影片奖的动画片受到观众的好评。
1981年，何玉门采用新疆的传统绘画风格拍摄了动画片《善良的夏吾冬》。在这部影片中，他对美术片的“新”、“奇”、“趣”的特点又作了新的探索，使影片在大胆的想象与细节的真实，怪诞的内容与情节合乎情理的发展，以及人物与动物之间，性格和趣味的统一等方面作了探索，这种有目的的追求，取得了预期的艺术效果，受到了观众的欢迎。
1984年，中国电视剧制作中心成立美术片创作室，开始拍摄专供电视播映的动画片。在导演何玉门的带领下，拍摄了该中心的第一部作品《断尾巴的老鼠》。该片的拍摄过程同时也是动画人才培养的过程，来自北京科影厂、辽宁科影厂、天津电视台的一批青年人，如段佳、华方方、孙哲、宋萍等，后来他们基本都成为我国电视动画制作的中间力量。
没有探索和追求，就没有创新，就无法攀登艺术的高峰。在他40余年的艺术生涯中执导了近20余部美术电影作品，多部电影在国内外获奖，并深深影响了一代又一代的动画人。何玉门，这位新中国自己培养起来的美术电影大师，与他所创作的艺术作品，已经成为每一代动画人为之奋斗的榜样和力量。