工作的开展，在有效改变当时博物馆界分散隔绝状态的同时，使得博物馆逐渐脱离了政府行政管理的藩篱而沿着合理的方向发展；同时，关于博物馆的专业研究也逐渐开展起来，加强了中国博物馆学的理论建设。然而，随着时局的恶化，中国的文化事业又陷入了前所未有的困难之境。历史博物馆的各项工作，在这种恶劣环境的影响下，进入了一个管辖权迭相变更的动荡时期。
作为中国第一个由政府筹设并直接管理的国家博物馆，历史博物馆的隶属关系难免会随着政治时局的变动而发生改变。自南京国民政府正式成立后，中国的政治文化中心逐渐由北平转向了南京，直至1937年之前，历史博物馆的管辖权经历了教育部
大学院古物保管委员会——教育部——中央研究院历史语言研究所——中央博物院的屡次变更，这是为方便管理而采取的一种措施。1937年日军全面侵华战争爆发后，北平和南京先后沦为敌伪政权的势力范围，直至1949年北平和平解放，历史博物馆的管辖权又经历了中央博物院——伪教育总署——中央博物院——北京大学——北平军事管制委员会文化接管委员会的迭相变更，这是政治时局动荡变化之下的无奈之举，更是历史博物馆数十年筚路蓝缕的历史见证。
一、国立中央博物院筹备处的成立及对历史博物馆的接管
1933年4月，为“汇集数千年先民遗留之文物和灌输现代知识应有的资料，作永久的保存、系统的陈列，藉以提倡科学研究，辅助民众教育”（引自李济《国立中央博物院筹备处概况》，原文载于《社会教育季刊》，1943年，第1卷，第4期，第22页），国民政府教育部正式成立国立中央博物院筹备处，着手筹建中央博物院，聘请中央研究院历史语言研究所所长傅斯年为筹备处主任，负责中央博物院的总体建设工作。上任伊始，傅斯年即拟定出中央博物院的发展规划，除编制筹备处预算、筹划建筑经费外，着力进行古物收购、接洽重要学术机关合作等具体事务。根据计划，中央博物院拟建人文、工艺、自然三大馆，后又任命翁文灏为自然馆筹备主任，李济为人文馆筹备主任，周仁为工艺馆筹备主任，协助相关工作。1934年，傅斯年因中央研究院事务繁忙而辞去筹备处主任一职，教育部改聘李济为筹备处主任，接手负责总体筹建与规划。可以说，中央博物院从成立开始，即与中央研究院特别是历史语言研究所有着某种深层次的联系，而这种联系也让历史博物馆最终改由中央博物院管辖成为必然的趋势。
实际上，自1931年“九·一八事变”后，北平的文物保管部门便深感责任重大，纷纷计划将馆中所藏古物南迁。历史博物馆为慎重起见，遂将馆中重要物品制箱装置，并致函历史语言研究所转请中央研究院指示维护办法。后经中央党部议定，历史博物馆将部分藏品先后运抵南京与上海，存于中央博物院筹备处临时仓库。至1935年11月，中央研究院认为中央博物院次年当可正式成立，历史博物馆很有归并博物院管辖之必要，遂致函筹备处，声明自1936年起，历史博物馆的各项经费改由中央博物院支付。中央博物院筹备处据函向教育部请示，奉准实行接受合并。1936年7月，根据教育部令，历史博物馆划归国立中央博物院筹备处管辖，更名为国立中央博物院筹备处北平历史博物馆，其中的21万件文物也就成为中央博物院的藏品。同时，调历史博物馆主任裘善元驻在南京，馆员郭建勋、张文勋、马鸿德等则留守北平办理日常事务，维持博物馆工作。
随着基础设施兴建及其他各项筹备工作的快速推进，很多南迁来的文物都归人中央博物院，中央研究院历史语言研究所也将其所藏包括殷墟出土的3000多片甲骨等文物悉数转拨，再加上中央博物院花重金收购的诸多国宝级文物，其藏品已极为丰富。这些数量众多、价值极高的文物收藏，奠定了中央博物院在中国博物馆界和学术界的地位。然而，正当中央博物院初具规模之时，1937年7月7日，“卢沟桥事变”爆发，日军发动了全面侵华战争。很快，通过历史博物馆馆界的军队几乎一日数起，且不时有散兵游勇窜入馆中，甚至强行登城或出进各展室，对于馆中的陈列物品，“敌方固尚未至抢取时期，然狐假虎威，籍词研究，而意在攘取者，却有数次”，使博物馆同仁“几无日不在惊恐之中”。为保障文物安全起见，历史博物馆随即规定“全馆员工一律驻馆，早夕巡守，更将开放时间酌量缩短，重视门禁，其比较珍贵器物酌入库藏，仇敌之品改陈他件，庶勿招致觊觎而减少若干纠纷”（参见并引自《历史博物馆沦陷期工作报告》，中国国家博物馆藏）。当时，参观者多为敌方军民及避难乡人，专门从事研究的学者和文化界人士并不多见。
二、北平沦陷时期的历史博物馆
日军于1937年7月28日开始对平郊国民党二十九军发起总攻，当晚，宋哲元军长及秦德纯市长撤离北平；29日，从凌晨开始，二十九军陆续撤离北平；30日，日军迅速占领平郊地区；8月8日，日军进入北平市并开始驻兵。此时，北平城内已是人心惶惶。因为职责所在，历史博物馆人员坚守岗位，保管博物馆的财产。时任北平警察局长潘毓桂，为保护故宫博物院、古物陈列所、北平图书馆等文化机构，特召集各方代表磋商，专设警备事宜办事处，并给驻警配备枪械。10月，所谓的“地方临时维持会”成立，北平市各机关均归该会管理，警备事宜办事处随即撤销。12月14日，日军扶植江朝宗、王克敏等人在北平成立“伪中华民国临时政府”，统辖平津和华北等地区，议政委员会委员长汤尔和兼任伪教育总长。1938年，汤尔和召见北平各文教机关代表询问相关事宜，以历史博物馆在1929年之前归教育部管辖为缘由，将博物馆划归伪临时政府教育部直辖，并换发馆印，任命郭建勋为代理馆长，张文勋为会计科长，马鸿德为陈列科长，门世潋为庶务科长，分担各科事务，由原来的工作人员维持博物馆现状。此时，散兵游勇逐渐减少，一切秩序开始逐渐恢复，历史博物馆遂将开放时间延长，从库房选出展品开始陈列；对于新近征集或接收的物品，博物馆也尽可能地加以整理并陈列展出。3月，伪临时政府教育部将所接收的北平研究院所藏的西安出土器物移交给历史博物馆，研究院考古组苏秉琦、白万玉、陆式熏等人协助整理数月，并于8月在博物馆第二室（陕晋出土古物陈列室）试行展览一部分。同时，伪临时政府教育部还将先蚕坛旧存的器物移交给历史博物馆，存于端门城楼并展出。10月，历史博物馆还举办“建筑图专题展”。
此后，博物馆陆续开展了藏品征集、修复、馆合维护等基础性工作。根据规划，首先将放置在外部的炮台等物品进行修复，同时也开始面向社会公开征集物品，并系统整理钜鹿宋瓷、士俑、石刻、档案、图画等馆藏品。1938年下半年，敌伪机构已成常态，博物馆乃屡次要求修整馆合。1939年春，伪建设总署拟要求上报历史博物馆各项工程预算，为防止敌伪借机对馆藏品打主意，博物馆人员特别提出要变更“历史系统之陈列方式”，并附上详细的计划，提出房屋数量不够用，需重新修整馆合。这项工程自9月份开始，首先将端门城楼石栏照旧安装，外面的荆棘蒿草全部予以剪除，且拆修补砌倾斜剥裂的城墙。至翌年12月，工程才最终完成，历史博物馆两廊房屋百楹全部翻修，齐脊比檐依复旧观，初见明代建筑的风貌。
随着政治局势的变化，南京伪国民政府于1940年3月建立，北平伪临时政府教育部随即改组为华北政务委员会教育总署。对于历史博物馆，华北政务委员会教育总署也只是换发印信，其余方面均保留原状，并无实质变化。至1941年10月，博物馆两廊房屋修葺落成，并增加东廊数楹为出土古物陈列部，当时将西安出土的器物进行整理，又专门在出土古物陈列部辟出空间展出，总计展品达20000余件，招待学人共同研讨，这成为沦陷期文化界的一大盛事。此外，历史博物馆春秋季特别开放，依然按惯例举办，并无间断。同年，山西万泉县出土的陶骨器物本来放置于师大楼下，后移存至历史博物馆，经原发掘人董光忠、张蔚然协助整理，检选出有代表性的物品分类陈列，剩余的古兵器、旧炮、陶瓷、印章、牌匾、模型、洪承畴旧邸铁狮子、康有为遗物、郑成功遗像等也逐渐整理存览。1943年9月，伪教育总署任命罗黼为馆长，并改定北平历史博物馆组织，馆长之下设立总务、陈列、征审三课，定馆长为荐任职，课长、助理员皆委任职，当时的主任助理为张文勋，陈列课长为马鸿德，总务课长为郭建勋，征审课长为门世潋。
受时局动荡的影响，历史博物馆的基本陈列与临时展览在北平沦陷期间基本都保持一种小规模的方式，并没有产生太大的社会影响。但即使在恶劣的社会环境之下，历史博物馆也只是因敌伪势力在太和门、太庙、稷园等处举办活动，四周布岗戒严，而不得不临时闭馆之外，并无一次自行闭馆，且从未有占用馆合为其他会场，虽然“兴亚书道展”曾来馆中商借场地，但被“腾挪困难”而阻止。正是因为当时那批博物馆工作人员视文物重于生命的这份殷殷眷念之情，才能在乱世北平对敌伪势力采取相应的斗争策略，保障了博物馆文物及馆合不因战乱而蒙受太大的损失。
三、抗战胜利后中央博物院对历史博物馆的再次接收
1945年8月1 5日，日本宣布无条件投降，抗战胜利。此后不久，中央博物院奉教育部令，前往接收历史博物馆，先令伪任人员退出，再令战前旧任人员一面继续组织展览，另一方面将馆藏品整理造册。11月28日，教育部平津区特派员办公处开始对历史博物馆进行接收，由伪教育总署任命的馆长罗黼负责移交，编制《教育总署直辖历史博物馆移交总清册》；教育部平津区特派员办公处专门委员方更生负责接收，编制《北平历史博物馆清册》。《教育总署直辖历史博物馆移交总清册》对伪教育总署管辖时期内历史博物馆各项工作及所有资产等内容记述甚详，囊括了当时职员的姓名、薪津与工警的姓名、津饷，以及陈列课保管现陈及未陈列品簿钥匙数目、所藏图书目录、总务课文书部分总卷、总务课庶务部分卷宗、总务课会计部分卷宗、征审课清册等等，是研究这一时期历史博物馆业务工作的重要文献。
在接收工作进行的同时，历史博物馆开始恢复“国立中央博物院筹备处北平历史博物馆”的旧名，由北京大学余逊教授兼任主任。此时历史博物馆的主要工作，首先是接收和迁回馆藏原有文物、馆合并在管理范围进一步扩充的基础上举办展览；其次，为了扩大馆藏，对敌伪时期的相关文物进行清理、收藏，并接收社会上的捐赠。根据国民政府行政院公布的《收复地区政治设施纲要（草案）》对“敌伪经营之民众教育、图书馆……及文化机关团体之清查与整理”的要求，国立中央博物院筹备处北平历史博物馆开始接收、保管相关的战利品。如1946年9月，接收联勤总部补给区司令部移交的战利品643件；1947年7月，接收王揖唐案内物品51件；8月18日，接收中日实业公司案内物品16件，接收敌日山中商会案内物品1195件；9月，接收天津敌伪文玩字画250件；1948年1月，接收天津中国文化服务社物品44件，接收天津中央信讬局移交华绵仓库文物45件（参见《国立北京大学接收历史博物馆移交时各项清册》，中国国家博物馆藏）。1948年4月26日出版的《世界日报》就曾专题报道：“北平午门历史博物馆日前接收教育部移送平津区敌伪时代各文教机关印章300余件，并接收东交民巷前德国使馆所存南怀任制大将军铜炮及西洋铁炮各二尊。现该馆业已陈出，供人观览。”（引自《世界日报》，4月26日，原文载于《安徽文献》，1948年，第4卷，第5期。）而运往台湾的历史文物，也在抵台后予以展出（据1948年4月26日《世界日报》报道：“本年二月文教部朱部长到台视察后，即决定在台湾举行中国文物展览会，经多时筹备，终于三月廿三日在台北博物馆中举行，此次展览品分为陶器、铜器、雕板、印刷、指南针和书法、绘画等五类，其用意在反映中国人生活方式之历史由来，以针对本省同胞受日人五十一年之蒙蔽欺骗，使对祖国文化有更深刻之认识。”引自《安徽文献》，1948年，第4卷，第5期）。
国民政府于1947年9月任命北京大学博物馆专修科主任韩寿萱兼任历史博物馆馆长。之后，博物馆的各项工作得到了进一步的发展，而其中最为突出的一点，就是馆务会议于每月定期召开。据《国立中央博物院北平历史博物馆第一次馆务会议记录》（1948年8月2日）记载，此次会议首先明确了馆中各职员的职务分配：张文勋，总务兼办会计事宜；史树青，办理文书稿件、编辑藏品目录并研究鉴定古器物事宜；汪曾祺，整理陈列改良说明、导引参观并研究鉴定古器物事宜；耿宗仁，管理图书、辅助汪先生改良陈列并研究鉴定古器物事宜；马鸿德，保管及陈列藏品、训练工人以及清洁打扫事宜；赵殿臣，办理收发例行文书，辅助马先生工作以及庶务事宜。职责来自职务，有什么样的职务就有什么样的职责，二者相互依存，融为一体。职员们恪尽职守，履行职责，才能保障机构工作的正常运转，实现机构的职能作用。通过馆务会议而将馆中职员的职务分配确定下来，使各人权责明确，才能做到管理到位，这是机构实现制度化运转的基本举措。从细化后的职责分配来看，编辑藏品目录、整理陈列改良说明、导引参观并研究鉴定古器物等事宜，无不与博物馆的展览业务密切相关，而这也正是博物馆开启民智、传承文明的一个重要方式。此外，票价问题、旧有指示木牌修补重做问题以及“博物馆工作人员应以服务大众为目的，转告工友注意清洁，勿坐门限，并对参观人要有礼貌”等一系列具体问题的讨论议定，也无不体现出这一时期历史博物馆的工作重心已开始向服务大众的方向转移。
四、北京大学接管历史博物馆
随着解放战争的加速进展，国民政府准备退守台湾。中央博物院筹备处无力顾及历史博物馆的事务，经余逊、韩寿萱提议，历史博物馆由中央博物院移交北京大学接管，博物馆藏品、馆合、家具、用品等全部拨交给北京大学。1948年12月18日，历史博物馆正式更名为国立北京大学博物馆：“平故宫午门历史博物馆，原隶中央博物馆，现改隶北大，十七日办妥接管手续，十八日起易名为国立北京大学博物馆，馆长仍为韩寿萱。”（引自《北平历史博物馆易名》，原文载于《公教学校通讯》，1949年，第3卷。）历史博物馆移交时，曾造藏品清册，文物数量总计203949件（参见《国立北京大学接收历史博物馆移交时各项清册》，中国国家博物馆藏）。与此同时，由于国民党在大陆的溃败，国立中央博物馆于1948年冬奉令迁移，将11729件（852箱）铜器、瓷器、珐琅、字画、雕塑、漆器、文玩等珍贵文物运至台湾，其中也包含了历史博物馆的珍贵藏品，如周代的康侯鼎、牺尊、内言卣、牺首壨、雷纹壶、召仲簋、师望簋、雷纹觚、子爵、素洗等等。
北京大学接管后，历史博物馆的各项工作均有很大起色，尤其是展览业务方面，不断提升服务观众的水平，并注重其中的细节。在1948年举行的第二次馆务会议上，韩寿萱馆长就提出“拟致函教育局及各中小学秋季开学团体来馆参观并请先期函知参观日期及人数以便派员招待案”，并在会上报告筹办“北平特种手工艺展览会”的相关情况。此次展览是抗战胜利后北平各界的一次文化盛会，引起了文化界的广泛关注。当时，沈从文先生还特意撰写《关于“北平特种手工艺展览会”一点意见》并发表于10月9日出版的《大公报》上，文中提到：“就在这种情形中，我们来过第三十七个双十节。到目下是历史博物馆，过去是献俘受降的午门城楼上，举行‘北平市特种手工艺展览会’，让二百万市民放弃了对于帝王时代大醣赐宴的向往，以及民国以来瞻仰公仆元首的兴趣，看看二十万小市民为自求生存，心手辛勤产生的事事物物。这种展览会，说是新时代有意义的象征，不为过分。”（引自沈从文《关于北平特种手工艺展览会一点意见》，原文刊载于《大公报》，1948年10月9日。）
同时，沈先生在文中还特意指出了“这种特展的失败”，但他所说的“失败”并不是展览本身的失败，而是意在阐释，此前文物界对于文物本身的价值，只不过仅限于炫富矜奇，而“不知活用与现代问题接触”，既未能在美术史教学过程中好好利用国家收藏，“一改旧例，完全用实物作主题，来扩大学生知识见闻”，亦未能在工艺传承过程中发挥文物价值，使工人能够秉持传统标准，执着于“手和心”，从而经过长时期的严格锻炼与培植，“必保有高度熟练的技术，和向传统优秀纪录广泛学习，兼能作新的综合”的能力。文物保管与美术教育部门，多年来“对其他部门还近于点缀，少成就，少关心”，不能与现实的需要和现实的应用结合起来。这次“失败”，实是因为它显出了“在文物艺术古典与现代化接触问题上，因为专家学人缺少一种远见和深思，缺少一点牺牲成见的进取精神，更缺少的是批评检讨面对现实勇于修正的尝试，至今还如何完全落后”。所以，从这个角度来对“北平特种手工艺展览会”进行全面分析，就可以发现其揭示了当时学人及专家群体所存在的问题，而这又正是此次展览的成功所在。
五、北平军事管制委员会对历史博物馆的接管
1949年1月21日，傅作义接受解放军提出的和平条件，签订《关于和平解决北平问题的协议》；31日，人民解放军进驻北平城，北平和平解放。3月2日，北平军事管制委员会文化接管委员会文物部派尹达、王冶秋接管历史博物馆，于坚为联络员，宣布韩寿萱留任馆长。此外，还专门要求清点全部藏品，造册上报；按照社会发展规律，建立新的历史陈列，使博物馆成为民族的、大众的、科学的社会教育机构。历史博物馆的事业发展掀开了新的一页。
北平军事管制委员会接管后，历史博物馆于3月3日在馆内图书室召开第一次全体职工大会，会议由韩寿萱馆长主持，讨论并通过了一系列具体事项：“本馆为建立反帝国主义、反封建思想主义、反官僚资本主义，使成为民族的、科学的、大众的文化，拟成立设计委员会。其目的在：（一）改善陈列；（二）业务学习。推汪曾祺、耿宗仁、支国英、杨文和、马鸿德、史树青6人为委员，并推汪曾祺为招集人。”（引用并参见《国立北平历史博物馆第一次全体职工大会会议纪录》，1949年，中国国家博物馆藏。）此外，大会还议定了博物馆向文化接管委员会文物部提出的几方面事项：博物馆职工愿意尽量节省各项费用并取消门票，使历史博物馆真正成为人民大众的博物馆；博物馆于1948年12月所购买的小米钙粉等物资，拟请准予变价，移作改善陈列及制造木椅之用，如有剩余，再归员工福利委员会作为福利金；博物馆驻守警察，当时由公安局内六分局派遣3人，如开馆后，警士分班在馆巡查，似感不敷，故请函知公安局加派警察2人。
历史博物馆此时的办馆方针已基本确定为民族的、科学的、大众的，而这一方针最先在展览工作中体现出来。为方便观众参观，博物馆各室陈列品说明分别派人换稿用白话文书写；同时，随着馆中职员人数的增加，自1949年6月8日起各陈列室每日照常开放（星期一不再闭馆），职员改在星期日休息，以2人轮流值班，翌日再行补休。另外，随着捐赠文物与新收馆藏品的不断丰富，历史博物馆又先后举办了一些临时性展览与专题展览，如“贺孔才先生捐赠藏品特展”、“新中国人民捐赠文物展览”和“新收文物展览”。 1949年8月29日下午3时，历史博物馆专门举行“解放后人民捐赠文物特展”及“解放后新收文物特展”预展茶会，邀请了郑振铎、王冶秋、范文澜、唐兰、裴文中、王重民等20余人到馆参观研讨，并于次日召开第20次临时馆务会议，专门讨论预展茶会上与会专家的指导建议。这些建议大多针对历史博物馆的功能定位，对日后博物馆基本陈列体系的布设有着不可忽视的影响。裴文中先生在会上首先发言：“（1）陈列上不能缺少历史意义，要有立场、有观点；（2）陈列上要成人民的历史，注重人民的生活；（3）不要引起复古思想。”范文澜先生也谈到：“注意历史生产工具及手工艺生产工具，并重视贵族与农民生活的反映，又为培植考古人才及使每件物品均有意义。”王冶秋先生最后指出：“博物馆事业要成为社会教育机构，不要为贵族少数人享受，要大众化，使博物馆作示范性及考虑如何专门化。”（引自《国立北平历史博物馆第二十次临时馆务会议记录》，1949年，中国国家博物馆藏。）可以说，这些专家的建议对历史博物馆未来业务工作的开展有着重要的指导作用。